集團公司現有18個部門、3個分公司、1個培訓中心、3個全資子公司、3個控股子公司、8個參股公司。其中集團總部部門包括總工辦、安全質量監督部、合約法規部、法律事務部、資源管理部、企業發展部、財務管理部、人力資源部、信息中心、后勤服務中心、綜合辦公室、投資開發公司未審計項目工作組、審計部、監事會工作部、黨群工作部、工會、團委、紀檢監察部；分公司包括建設分公司、運營分公司、資源開發分公司；全資子公司包括南寧軌道地產集團有限責任公司、南寧軌道交通二號線建設有限公司、南寧軌道交通五號線建設有限公司；控股子公司包括南寧軌道江南混凝土有限公司、南寧軌道交通四號線建設有限公司、南寧軌道交通二號線東延工程建設有限公司；參股公司包括：南寧軌道交通三號線建設有限公司、南寧中車軌道交通裝備有限公司、南寧中鐵廣發軌道裝備有限公司、南寧市市民卡信息服務有限責任公司、廣西南寧機場綜合交通樞紐建設有限公司、廣州城市軌道交通培訓學院股份有限公司、云寶寶大數據產業發展有限責任公司、廣西交控智維科技發展有限公司。